Organy nie od razu pojawiły się w świątyniach chrześcijańskich. U podstaw tego legły zapewne obawy, by liturgia Kościoła nie przesiąkła elementami kultów pogańskich, którym organy nie były obce. Przełom nastąpił w VII wieku, gdy papież Vitalianus wydał dekret zezwalający na instalowanie tych instrumentów w kościołach.

Od VII w. prymitywna gra organowa stanowiła podporę dla śpiewu liturgicznego. Udoskonalanie instrumentu i techniki gry sprawiło, że organy stały się znakomitym akompaniamentem dla chórów wielogłosowych. Dziś w dokumentach kościelnych podkreśla się przede wszystkim doniosłość brzmienia organowego. W Konstytucji o Liturgii Świętej Soboru Watykańskiego II czytamy: „W Kościele łacińskim należy mieć w wielkim poszanowaniu organy piszczałkowe jako tradycyjny instrument muzyczny, którego brzmienie ceremoniom kościelnym dodaje majestatu, a umysły wiernych podnosi do Boga i spraw niebieskich” (KL 120). Ponadto w dokumencie „Musicam Sacram” z 1967 r. zapisano, że akompaniament na instrumentach muzycznych winien „podtrzymywać śpiew, ułatwiać udział w czynnościach liturgicznych i przyczyniać się do głębszego zjednoczenia zgromadzonych wiernych” (MS 64).